Krzysztof Szamałek jest absolwentem Wydziału Geologii Uniwersytetu Warszawskiego oraz Wydziału Zarządzania Uniwersytetu Warszawskiego. W 1978 r. jako student otrzymał nagrodę specjalną im. Jana Samsonowicza za wyniki w nauce, przyznaną przez sekretarza naukowego Polskiej Akademii Nauk.
Stopień doktora zdobył w 1985 r. w swojej macierzystej uczelni, a stopień doktora habilitowanego otrzymał w 2003 r. w postępowaniu przeprowadzonym na Akademii Górniczo-Hutniczej in. Stanisława Staszica w Krakowie.
W 2012 r. decyzją Prezydenta RP otrzymał tytuł profesora.
Jest również profesorem nadzwyczajnym Uniwersytetu Warszawskiego i pracownikiem naukowym Wydziału Geologii, gdzie od 2020 r. pełni funkcję kierownika Katedry Geologii Złożowej i Gospodarczej.
W latach 1994–1997, 2001–2002 oraz 2003–2005 pełnił funkcję sekretarza i podsekretarza stanu, Głównego Geologa Kraju w ministerstwie właściwym ds. środowiska.
Był także dyrektorem departamentu (1997–2001) w Kancelarii Prezydenta RP odpowiedzialnym za bezpieczeństwo energetyczne i surowcowe oraz zarządzanie kryzysowe. Sprawował funkcje zarządcze w Mostostalu Warszawa i Fundacji Ekofundusz. Był zastępcą dyrektora ds. naukowych i sekretarzem naukowym w Instytucie Ceramiki i Materiałów Budowlanych.
Był członkiem Rad Nadzorczych w firmach: KGHM Polska Miedź, Geofizyka Kraków, Petrobaltic, KGHM Metale oraz Nafta Polska. Przewodniczył Radzie Geologicznej przy Ministrze Środowiska oraz Radzie Nadzorczej Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej. Od 2011 r. jest członkiem zespołu ds. rozwoju bazy ekspertów Narodowego Centrum Badań i Rozwoju.
Był członkiem Komitetu Gospodarki Wodnej PAN, Komitetu Górnictwa PAN i członkiem rad redakcyjnych czasopism z tzw. listy filadelfijskiej oraz z listy ministra nauki i szkolnictwa wyższego.
Obecnie jest wiceprzewodniczącym Komitetu Zrównoważonego Rozwoju Gospodarki Surowcami Mineralnymi PAN.
Jest autorem około 300. publikacji naukowych z zakresu geologii gospodarczej, prawa geologicznego i górniczego oraz geologii złóż.
Profesor dr hab. Krzysztof Szamałek rozpoczął kierowanie Państwowym Instytutem Geologicznym - PIB 26 stycznia 2024 r.
