Obszar działania gdańskiego zespołu PSH obejmuje region wodny Dolnej Wisły wraz ze zlewnią Pregoły. Pod względem warunków hydrogeologicznych jest to jeden z najciekawszych regionów w Polsce. Wyróżnia go znaczne zróżnicowanie warunków hydrostrukturalnych i hydrodynamicznych. Charakteryzuje się piętrowością oraz dużą zmiennością występowania, krążenia i składu chemicznego wód podziemnych. Wpływa na to m. in. zmienna litologia i miąższość osadów oraz duże urozmaicenie rzeźby terenu i sąsiedztwo brzegu morskiego.
Wielopiętrowe systemy wodonośne obejmują szeroko rozprzestrzenione poziomy wodonośne w utworach czwartorzędu, neogenu, paleogenu, kredy i jury. Najszerzej rozprzestrzenione jest czwartorzędowe piętro wodonośne w obrębie poziomów: międzyglinowych (międzymorenowych), dolinnych, deltowych, pradolinnych, sandrowych oraz form kopalnych. Występujące w nim wody podziemne stanowią podstawę zaopatrzenia ludności oraz zakładów przemysłowych. Z tego względu większość Głównych Zbiorników Wód Podziemnych została wydzielona właśnie w strukturach wodonośnych czwartorzędowego piętra wodonośnego. Warstwy wodonośne najczęściej zalegają w przedziale głębokości 50 – 200 m. Dlatego też odporność na zagrożenia antropogeniczne jest zróżnicowana w zależności od głębokości zalegania poziomów wodonośnych i izolującego pakietu osadów słaboprzepuszczalnych. Ważne źródło zaopatrzenia stanowią również wody w osadach neogenu i paleogenu, zwłaszcza w użytkowych poziomach wodonośnych miocenu i oligocenu. Z uwagi na głębsze zaleganie, stopień wrażliwości na zanieczyszczenia antropogeniczne jest niewielki. Istotne jest również znaczenie kredowego piętra wodonośnego zwłaszcza w rejonie dużych zespołów miejskich: Gdańska, Bydgoszczy, Malborka, Gniewu, Kwidzynia, i Torunia. Wody podziemne zostały rozpoznane w szczelinowo-porowych utworach kredy dolnej oraz w węglanowych i porowych utworach kredy górnej. Wody w osadach jury (o użytkowym znaczeniu) występują tylko w rejonie Aleksandrowa Kujawskiego w piaskach i w utworach szczelinowo-porowych.
Szczególną cechą omawianego regionu jest sąsiedztwo brzegu morskiego, gdzie wody podziemne kontaktują się bezpośrednio z wodami morskimi. Chwiejna równowaga dynamiczna i hydrochemiczna tych dwóch środowisk może być naruszona nadmiernym poborem wód podziemnych, co skutkuje ingresją wód słonych do warstw wodonośnych.
Innym ciekawym i ciągle mało rozpoznanym środowiskiem są płytkie wody gruntowe powszechnie występujące na obszarach pojeziernych i w dolinach rzek. Na ogół nie mają one znaczenia użytkowego, ale są ważne dla zachowania naturalnej równowagi w ekosystemach lądowych i wodnych. Ujawniają się one na obszarach źródliskowych, gdzie dają początek wielu ciekom.
Wyróżniającą cechą regionu gdańskiego jest wysoka zasobność wód podziemnych. Wysokie opady atmosferyczne, dominujący udział skał porowych i dobrze przepuszczalnych na powierzchni terenu sprzyjają infiltracji wód do systemów wodonośnych. Znacznie zróżnicowanie morfologiczne oraz dobrze rozwinięty system pradolin i dolin rzecznych dynamizują przepływ wód podziemnych i wpływają na ich szybką odnawialność.
Bogactwo i różnorodność wód podziemnych jest od wieków wykorzystywana przez mieszkańców regionu gdańskiego do zaopatrzenia gospodarstw domowych, wielkich aglomeracji miejskich i zakładów przemysłowych.
