W skład majątku Instytutu wchodzą:
- nieruchomości:
- stanowiące siedziby Instytutu w Warszawie oraz oddziałów regionalnych w Gdańsku, Kielcach, Krakowie, Sosnowcu, Szczecinie i Wrocławiu,
- na których zlokalizowane są magazyny Narodowego Archiwum Geologicznego,
- na których zlokalizowane są stacje hydrogeologiczne,
- pozostałe środki trwałe (aparatura naukowo-badawcza, sprzęt komputerowy, wyposażenie biurowe),
- wartości niematerialne i prawne,
- środki finansowe na rachunkach bankowych.