Dyrektorowi Instytutu bezpośrednio są podporządkowane następujące komórki organizacyjne Instytutu:
1. Biuro Dyrektora
2. Dział Spraw Personalnych
3. Dział Zamówień Publicznych
4. Zespół Controllingu
5. Zespół Radców Prawnych lub samodzielne stanowisko ds. prawnych
6. Zespół ds. BHP lub samodzielne stanowisko ds. bhp
7. Zespół ds. Bezpieczeństwa
8. Zespół ds. Audytu lub samodzielne stanowisko audytora wewnętrznego
9. Pełnomocnik ds. Jakości
10. Oddział Geologii Morza w Gdańsku
11. Oddział Pomorski w Szczecinie
12. Oddział Świętokrzyski w Kielcach
13. Oddział Górnośląski w Sosnowcu
14. Oddział Karpacki w Krakowie
15. Oddział Dolnośląski we Wrocławiu
Zastępcy Dyrektora ds. Służby Geologicznej są podporządkowane następujące komórki organizacyjne tworzące pion służby geologicznej:
1. Dział Koordynacji Zadań Służby Geologicznej
2. Program Geologia Złożowa i Gospodarcza
3. Program Kartografia Geologiczna i Geologia Regionalna
4. Program Geozagrożenia i Geologia Inżynierska
5. Program Hydrogeologia i Środowisko
6. Program Geologiczne Bazy Danych
7. Narodowe Archiwum Geologiczne.
Zastępcy Dyrektora ds. Badań i Rozwoju są podporządkowane następujące komórki organizacyjne tworzące pion badań i rozwoju:
- Zespół Planowania i Rozliczania Badań
- Zakład Surowców Mineralnych i Kopalin Energetycznych
- Zakład Geologii Regionalnej i Naftowej
- Zakład Hydrogeologii
- Zakład Geologii Środowiska i Geochemii
- Centrum Modelowania Procesów Geologicznych
- Geologiczne Centrum Transferu Technologii
- Dział Wydawnictw
Zastępcy Dyrektora ds. Administracyjno-Ekonomicznych są podporządkowane następujące komórki organizacyjne tworzące pion administracyjno-ekonomiczny:
- Dział Finansowo-Księgowy
- Dział Administracyjny
Zastępcy Dyrektora ds. Ogólnych są podporządkowane następujące komórki organizacyjne tworzące pion ogólny Instytutu:
- Dział Informatyki
- Biblioteka i Muzeum Geologiczne
- Zespół Laboratoriów
- Zespół ds. Obronnych i Zarządzania Kryzysowego
za treść odpowiada Adam Kordas
