Konieczność rozpoznania budowy geologicznej polskiej strefy ekonomicznej Bałtyku była głównym powodem powołania w październiku 1968 r. Pracowni Geologii Bałtyku w Sopocie. W 1974 r. została ona przekształcona w Zakład Geologii Morza, a w 1977 r. w Oddział Geologii Morza.

W latach 1977 – 1986  w skład Oddziału wchodziła podporządkowana organizacyjnie Pracownia Geologii Wybrzeża w Szczecinie.

Pierwsza siedziba Pracowni Geologii Bałtyku (1968–1974) mieściła się przy ul. Abrahama w Sopocie, następna przy ul. Polnej. Od września 1998 r. Oddział jest usytuowany w Gdańsku-Oliwie przy  ul. Kościerskiej, w otoczeniu lasów Trójmiejskiego Parku Krajobrazowego.

oddzial geologii morza 1968

Siedziba Pracowni Geologii Bałtyku w latach 1968-1984 (Sopot, ul. Abrahama 40)

oddzial geologii morza1984

Siedziba Oddziału Geologii Morza PIG w latach 1984-1998 (Sopot, ul. Polna 32)

Prowadzone przez specjalistów PIG badania polskiej strefy ekonomicznej Bałtyku zaowocowały licznymi opracowaniami kartograficznymi przedstawiającymi budowę geologiczną jego południowej części. Z czasem działalność Oddziału rozszerzyła się na badania geologiczne i hydrogeologiczne w obecnych województwach: pomorskim, kujawsko-pomorskim i warmińsko-mazurskim.